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国家卓越工程师学院研究生分会（筹）
清华大学国家卓越工程师学院研究生分会（筹）拟于2023年成立，是清华大学研究生会的下属机构，受国家卓越工程师学院领导，是工程师学院全体研究生“自我教育、自我管理、自我服务”的研究生组织。
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创新领军工程博士科学技术协会
清华大学创新领军工程博士科学技术协会成立于2024年1月1日，秉承清华大学“自强不息，厚德载物”的校训，全面深入发挥创新领军工程博士的特点与优势、跨界融合，科技引领，发挥联结学校与研究生之间的桥梁纽带作用，全心全意为创新领军工程博士研究生同学服务。
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卓越工程师讲师团
卓越工程师讲师团于2023年12月成立，是工程师学院以朋辈宣讲和浸润教育为理念开展思想政治教育的重要载体。讲师团秉持“学以致讲-以讲促学-讲学相长”的朋辈宣讲育人机制，积极引导讲师立足专业背景，聚焦于工程前沿一线开展宣讲。
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支部概况
工程师学院依托各班级建立研究生临时党支部。其中，创新领军工程博士项目按班成立33个班级临时党支部，工程硕博士培养改革专项按班成立13个班级临时党支部。各临时党支部由研究生院党总支统筹管理，在研究生院党总支的领导和工程师学院的指导下开展活动。
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支部活动
非全日制学生临时党支部贯彻“守初心、担使命，找差距、抓落实”的总要求，聚焦工程领域实际问题，利用集中上课课余时间有针对性地组织开展丰富多彩的主题教育与党建活动。全日制学生临时党支部紧扣卓越工程师人才培养目标，结合专项学生“工学交替”的培养特点，创新组织形式联动校企力量开展党建工作，力争成为政治坚定、爱党报国的新时代红色工程师。
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“雁行计划”特色活动
工程师学院研究生临时党支部依托学校资源开展“雁行”党支部特色活动。重点围绕对内用好学科交叉催化剂、对外积极探索新型举国体制等开展主题教育实践，调研学习实现高水平科技自立自强的深刻内涵。
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集体风采
工程师学院依托项目特点、所在领域、联培企业等要素成立研究生集体，弘扬并延续清华集体建设优良传统。集体中的个人将“各按步伐、共同前进”，实现“在集体中成长”以及个人的全面发展。
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卓越系列活动
工程师学院紧密围绕学生培养特点，设立“卓越”系列活动，包括“卓越·心力量”身心健康活动、“卓越·π”工作坊一对一咨询辅导、“卓越·启航”企业实践、“卓越·家园”集体共建，“卓越·微沙龙”学科交叉微沙龙、“卓越·俱乐部”体育锻炼活动等。
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卓越·人物
“卓越·人物”栏目是工程师学院开设的主题宣传专栏。专栏通过宣传工程师学院优秀师生代表，促进同学之间的朋辈激励，加深同学对工学交替培养模式的理解和认同，向全校师生展现未来卓越工程师的风采。
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工博风采
“工博风采”栏目主要面向工程师学院创新领军工程博士项目和工程硕博士培养改革专项非全日制博士项目开设，展现工博人在解决复杂工程技术问题、进行工程技术创新以及规划和组织实施工程技术研究开发工作方面的风采。